La race a été créée il y a plus de 4 siècles par l'Empereur Charles de Habsbourg de la cour impériale d'Autriche qui ne pouvait plus remonter en chevaux espagnols son Manège Espagnol de Vienne. Son nom vient de “Lipizza”, petit village situé actuellement en Slovénie où fut créé, en 1580, le premier haras qui devait fournir les chevaux à la prestigieuse Ecole Espagnole de Vienne. Au XIXème siècle, ce haras situé près de Trieste en Slovénie, a donc effectué des croisements entre de solides juments locales et des étalons espagnols, italiens et arabes. Après de nombreux croisements, 6 étalons furent choisis comme géniteurs officiels de la race : Pluto (Pure Race Espagnole blanc), Conversano (Napolitain noir), Favory (cheval isabelle du Haras de Kladrup en Bohéme), Siglavy (Pur-Sang Arabe blanc), Maestoso (croisement d'un Napolitain et d'un Pure Race Espagnole) et Neapolitano (Napolitain bai).

La chute de l'empire austro-hongrois et les nombreux conflits qui déchirent cette région sont la cause de nombreux exodes des chevaux. Actuellement, on trouve des élevages en Autriche, en Slovénie, en Croatie et en Hongrie.